https://jiangjun.netlify.com/tags/rna-seq/ Recent content in RNA-Seq on Jackie's Personal Blog Hugo -- gohugo.io zh-cn Sun, 22 Dec 2024 00:00:00 +0000 https://jiangjun.netlify.com/post/2024-12-22-samtools/ Sun, 22 Dec 2024 00:00:00 +0000 https://jiangjun.netlify.com/post/2024-12-22-samtools/ <div id="TOC"> </div> <p>这半年处理过几次 bulk RNA-seq 数据，经常需要进一步处理比对（align）完 <code>fastq</code> 文件之后得到的 <code>sam</code> 转换成排序的 <code>bam</code> 文件充分节省存储空间。我把经常用到的一些 <a href="https://www.htslib.org"><code>samtools</code></a> 命令放到记事本里，这里简单记录一下以后可以方便查阅。</p> https://jiangjun.netlify.com/post/lncrna-probes-in-microarray/ Tue, 11 Dec 2018 00:00:00 +0000 https://jiangjun.netlify.com/post/lncrna-probes-in-microarray/ 1 又是一篇放了好久好久，没有好好整理的东西。 1. 准备数据 需要数据有：芯片序列信息、基因组 lncRNA 参考基因组： 所用软件：SeqMap、R 芯片是 Affymetrix 的 Human Genome https://jiangjun.netlify.com/post/rna-seq-analysis/ Mon, 10 Dec 2018 00:00:00 +0000 https://jiangjun.netlify.com/post/rna-seq-analysis/ 1 本来是 6 月份的东西，一直没有好好整理拖到年底了，唉 .... 毕业答辩过了，最大的坎儿迈过去了。准备开始处理手头拿到的 RNA-Seq 数据。当作是我的第一次实战。